民用無人駕駛航空器經營許可證的申請流程如下：

進入“民用無人駕駛航空器經營許可證管理系統”，點擊注冊，進入注冊頁面。

注冊成功后登錄系統。

登錄系統后，頁面顯示“您還沒有申請無人機經營許可證”，點擊“前往申請”。

根據頁面要求填寫所需資料，最后點擊提交，等待審核發證。