已經簽訂加盟商但尚未完成備案，確實會帶來一些風險，但并不會直接導致您的備案申請被拒絕。關鍵在于您需要立即采取正確的應對措施。下面我將為您梳理其中的風險、對備案申請的影響，以及具體的應對步驟。

在取得備案前就簽訂加盟合同，主要面臨以下風險：

行政處罰風險：根據《商業特許經營管理條例》，未備案就從事特許經營活動的，由商務主管部門責令限期備案，并處以1萬元以上5萬元以下的罰款；如果逾期仍不備案，罰款數額會提高至5萬元以上10萬元以下，并予以公告。例如，北海市某商貿公司就因未備案從事特許經營被處以1萬元罰款。

合同糾紛風險：特許經營合同并不會僅僅因為未備案而被認定為無效，但在與加盟商發生糾紛時，對方可能會以您未備案、不具備"兩店一年"條件等為由，主張您隱瞞關鍵信息構成欺詐，或要求解除合同、退還加盟費及賠償損失。法院在審理此類特許經營合同糾紛時，會關注信息披露、履約能力等問題。

品牌信譽受損：商務主管部門的公告處罰會公開您的違法行為，這可能降低潛在加盟商對您品牌的信任度，影響后續招商。

商務主管部門在審核您的備案申請時，主要關注您是否在申請時點符合法定的備案條件。核心條件包括：

擁有注冊商標、企業標志、專利、專有技術等經營資源。

滿足"兩店一年"要求，即擁有至少2個直營店，并且經營時間超過1年。

具備成熟的經營模式和持續為加盟商提供經營指導、技術支持和業務培訓等服務的能力。

您之前已經簽訂的加盟商，一般不會作為商務部門判斷您是否具備"兩店一年"條件和成熟經營模式的直接依據。如果這些已簽約的加盟商在您提交備案申請后，向商務主管部門投訴或舉報您未備案經營，可能會引起商務部門對您申請的特別關注。妥善處理與已簽約加盟商的關系非常重要。

面對當前情況，建議您立即采取以下行動：

立即停止新簽約并加速辦理備案

在取得備案證明之前，嚴格暫停簽署任何新的加盟合同，這是規避后續法律風險的關鍵。

立即準備并提交備案申請。這是解決問題的根本。

評估并梳理已簽約加盟商情況

梳理所有已簽約但未備案期間的加盟商合同，評估是否存在糾紛風險。

妥善溝通與管理（如需要）

對于已簽約的加盟商，建議坦誠溝通。您可以在備案成功后，通過簽訂補充協議等方式，將備案情況告知對方，這有助于建立信任。

如果個別加盟商對未備案問題已有疑慮，可考慮通過加強運營支持等方式穩定關系，但注意不要做出虛假承諾或保證收益。

準備應對可能的調查與處罰

如果商務主管部門在備案審核過程中，對您未備案經營的行為進行調查，積極配合。

對于可能產生的行政處罰（例如罰款），有心理準備。北海市的案例顯示，對于積極配合調查并整改的公司，罰款金額可能在1萬元。

已經簽訂的加盟商會給您的備案申請帶來一定的風險，但只要您立即停止新的簽約、全力準備并提交備案材料，妥善管理好與已簽約加盟商的關系，順利完成備案的可能性還是很大的。完成備案后，務必確保所有新的加盟招商活動都在備案有效的前提下進行。

希望這些信息能幫助您理清思路并采取行動。如果您在準備備案材料（如"兩店一年"證明、成熟的經營模式說明等）方面遇到具體問題，我很樂意提供的信息。