豐臺區食品經營許可證的疑難問題可能包括以下幾個方面：

申請資料準備不充分：在申請食品經營許可證時，需要提交一系列的申請資料，如申請人的身份證明文件、食品經營場所的租賃合同或購買合同、食品經營者的食品安全管理人員證書等。如果申請資料準備不充分，可能會被駁回申請，導致申請過程更加繁瑣。

許可條件不明確：食品經營許可證的許可條件包括食品安全管理人員的配置、食品經營場所的衛生條件等。如果申請人對許可條件不夠了解，或者未達到許可條件，可能會被拒絕頒發許可證。

審批流程不透明：食品經營許可證的審批流程可能比較復雜，包括申請材料的審核、現場檢查等多個環節。如果申請人對審批流程不夠了解，可能會導致申請過程受阻。

審批周期過長：由于食品經營許可證的審批需要經過多個環節，審批周期可能會比較長。申請人需要耐心等待，并配合相關部門的審查和現場檢查等工作。

其他疑難問題：還可能存在一些其他疑難問題，如現場檢查不合格、食品安全管理人員證書過期等。這些問題可能會導致申請過程更加繁瑣，需要申請人積極配合解決。

如果遇到以上問題，建議咨詢代辦服務機構或豐臺區食品藥品監督管理局等相關部門，以獲取具體信息和解決方案。