在海淀區申請食品許可證的流程如下：

在海淀區市場監督管理局官網查詢需要準備的證件類型，確認辦理窗口，并準備相應的資料。

準備申請表。填寫正式的食品許可證申請表，包括企業基本信息、經營范圍、生產設備等。

準備企業證照。提供企業法人營業執照副本、組織機構代碼證、稅務登記證等證照復印件。

準備產品信息。提供產品的名稱、配方、生產工藝、原輔料等相關信息。

準備生產設施及設備。提供生產場所的房屋租賃合同、平面布局圖、環境衛生措施、生產設備清單等。

提供質量管理文件。如HACCP計劃、SSOP操作規范等。

將以上材料提交給海淀區市場監督管理局的對應窗口進行申請，并按照工作人員的要求完成后續流程。

需要注意的是，每個窗口的辦理時間、地點均不同，請確認后前往。具體的辦理流程和所需材料可能因地區和政策的不同而有所差異，建議在申請前詳細咨詢相關部門或官網查詢具體要求。