代辦食品/餐飲許可證的疑難問題可能包括以下幾個方面：

申請材料不齊全或不符合法定形式，例如缺少必要的申請材料或申請材料不符合規定的格式要求。

申請材料中的信息不準確或存在錯誤，例如申請人名稱、地址、法定代表人姓名等關鍵信息不準確或存在錯誤。

申請材料中的內容不明確或不清楚，例如申請辦理的許可證類型、適用范圍等不明確或不清楚。

申請人不具備法定資格或條件，例如申請人不具備相應的資質、技術能力等。

許可證辦理流程不清晰或不明確，例如辦理許可證的程序、時限等不清晰或不明確。
在代辦食品/餐飲許可證時，如果遇到以上疑難問題，代辦機構需要認真核實相關信息，并積極與相關部門溝通協調，確保申請材料和辦理流程的準確性和合法性，以避免因申請材料或流程問題導致申請被拒絕或延遲審批的情況發生。